Mắm tôm khá nặng mùi, giá không phải người sành sỏi thì rất khó phân biệt được mắm tôm còn tốt hay đã hỏng. Mặt khác nhiều người vẫn còn quan điểm sai lầm cho rằng mắm tôm càng nặng mùi càng ngon. Ngay cả khi mua về nếu không biết bảo quản mắm tôm cũng khiến mắm tôm rất dễ bị hỏng. Khi pha chế mắm tôm thì phải dùng luôn, không được pha chế rồi để dành lại cho lần sau.

Mắm tôm từng bị cấm tại Hà Nội do bị Bộ Y tế Việt Nam xem là một trong những nguyên nhân của dịch tiêu chảy cấp tính.[1] Sau một thời gian, Thứ trưởng Bộ Y tế Trịnh Quân Huấn đã khẳng định nguyên nhân là thực phẩm và nguồn nước bị ô nhiễm nặng nề chứ không phải mắm tôm.[2]